Первоначально постройка монастыря началась с возведения церкви из дерева, но, из-за сырости стройматериала, она быстро изветшала и ее в 1727 г. пришлось перестраивать, снова из древесины. Но и это не спасло от ее быстрого разрушения, и в 1757 г. была выстроена Знаменская церковь из камня.
Строительство осуществлялось за счет Ивана Бичевина - иркутского купца. Нынешний облик монастыря сформировался благодаря дополнениям к этой габаритной композиции в течение всего XVIII и вначале XIX вв. всевозможными достройками притворов, приделов и крылец. Более ранняя версия объемно-пространственной композиции выделялась своей лаконичностью. План постройки был из четырех частных делений с последовательным местоположением вдоль восточно-западной оси трапезной, притвора, алтаря и храма. Северная сторона прилегала к Николаевскому приделу (в 1760 г.).